typing.Protocol играет роль интерфейса, с той поправкой, что наследоваться от него потом необязательно - главное, чтобы набор полей/методов соответствовал.
abc.ABC - это именно абстрактный класс, он требует наследование от себя для соответствия, и часто предполагает наличие какой-то частичной реализации функциональности.
В отличие от него, typing.Protocol обычно применяется только для описания контракта класса, но не для частичной реализации. Так как он не требует наследования, он хорошо подходит для описания структуры объекты, который мы ожидаем на входе - без жётской привязки этого объекта к нашей иерархии классов.
"Обычно", потому что и то, и то можно использовать "не по назначению".