Вопрос состоит из двух частей.
1)
Загрузка файлов из CSV в некую модель или внутренне представление двух таблиц. Это может быть Pandas, Spark, реляционная БД неважно. Задача прямая. Деревянная и много раз решенная. Для java есть библиотечка Apache Commons CSV которая обеспечивает итератор по файлам и выдает объекты-записи.
2)
Генерация новых данных (таблиц?) (массивов?). Здесь из сбивчивого и эмоционального описания ничего
нельзя понять кроме того что автор сам не знает точного задания.
Если совсем-совсем не знает - то проще делать как в модульных тестах. Дать вход. И что должно быть на выходе.
Input:
Output: