Добавлять в автозапуск нужно не сам *.exe, а ярлык на него. И в ярлыке нужно указать рабочую папку.
А сейчас файлы может быть и создаются, только не там, где вы их ждали. Поищите эти файлы по всему диску, есть шанс, что вы их найдёте во временной папке или где-то ещё. Либо программа пыталась их создать где попало, но не смогла из-за недостатка прав доступа в той папке.