Судя по постановке вопроса - в голове полная каша из обрывков знаний, уж простите :)
Рекомендую посмотреть вот этот
видеоурок, хоть он и не про мессенжер, а про интернет магазин.
В видео показаны этапы проектирования продукта, планирование базы данных, реализация, создание эндпойнтов, разработка фронт-приложения.
Если вдумчиво смотреть и сразу применять, разбираться почему и зачем, и как это можно будет расширить и изменить под себя, вы точно сможете сделать что-то свое.
Если не хватит базы знаний - копайте статьи в интернете по тому инструменту или области, которая для вас темный лес.
Вот тут в "двух словах" рассказано как сделать проект.