conn = sqlite3.connect("database.db")
cursor = conn.cursor()
cursor.execute('''CREATE TABLE IF NOT EXISTS users (id INTEGER PRIMARY KEY, username TEXT, telegram_id TEXT)''')
conn.commit()
CREATE TABLE IF NOT EXISTS
не сработает, если таблица уже существует - но и только. Если она имеет неправильную структуру, данный вызов её не пересоздаст, а оставит как есть. Проверь структуру таблицы, либо через обращение к таблице схемы (хранит структуру всех таблиц к БД), либо подцепившись клиентом к твоей БД.