- Функция - это действие (т.е. глагол)
- Класс - это, грубо говоря, таблица, где строки - экземпляры класса, а поля (столбцы) - типовые для этого класса атрибуты, описывающие каждый экземпляр.
- Методы класса - встроенные в класс функции, привязанные к экземплярам и призванные менять их атрибуты.
Таким образом, надо найти в вашем проекте сущности, например «пользователь», «документ», «элемент страницы» ну и т.п.
Для каждого создать класс, описывающий эту сущность в виде атрибутов, а в класс положить функции, которые меняют его и только его атрибуты.
По файлам всё это можно разложить, например, так, как в веб-фреймворках:
Файл «шаблоны», файл «модели данных», файл «логика», папка «админка», папка «статика», папка «конфиги».