Чтобы сделать исключение для одного файла или папки, которые игнорируются в .gitignore, необходимо добавить путь к этому файлу или папке на новой строке в файл .gitignore с префиксом «!» (без кавычек). Например:
# .gitignore
/folder_to_ignore/
!/folder_to_ignore/important_file.txt
Если файл лежит внутри вложенного подкаталога, то придётся рисовать исключения для всей цепочки.
# игнорируем весь каталог
/folder_to_ignore/
# кроме его подкаталога
!/folder_to_ignore/subfolder
# всё равно игнорируем содержимое подкаталога
/folder_to_ignore/subfolder/*
# кроме одного файла
!/folder_to_ignore/subfolder/important_file.txt
Если такой файл лишь один, то можно не заморачиваться с правилами, а просто один раз индексировать файл принудительно. Тогда он начнёт отслеживаться.
git add --force "path/to/file.txt"