1. Насколько я понимаю, нельзя клонировать .git/hooks вместе с репозиторием. Придется переносить вручную. Вот об этом
подробнее.
2. В настройках репозитория на GitHub есть раздел
Webhooks & Services. Hooks там можно настроить. А покопаться в деревьях и блобах, вероятно, нельзя.