или это какой-то бан, прилетевший от Яндекс Мастера
Какой-то бан от Ямастера чаще всего в кабинете этого мастера и подписан.
Вопрос в том, решится ли проблема с отсутствием сайта в ПС просто удалением этой строки,
Может.
Файл header.php с секцией head отсутствует, в редакторе тем в вордпрессе секции head тоже нет.
header.php отсутствует или в нем нет секции head? Вполне может быть, что у вас дочерняя тема и этот файл в нее не включили. Добавьте header.php в дочернюю тему.
в редакторе тем в вордпрессе секции head тоже нет. Как удалить эту строку, не зная файла, в котором она лежит?
Очень часто метатег x-robots-tag добавляется или в настройках Wordpress (запрет на индексирование сайта), или через плагины Yoast SEO, Rank Math (или их аналоги)