Берёте и добавляете отдельные файлы в отслеживаемые репозиторием. Способ добавления всегда один.
Но любая ветка в Git содержит всё состояние проекта целиком. Нельзя в одной ветке отслеживать одни файлы, а в соседней ветке хранить другие файлы. Иначе при переключении веток будут удаляться файлы, которых нет в текущей ветке.
Если хочется отслеживать модули независимо, создайте под каждый модуль свой репозиторий. Если весь проект у вас тоже в гите, то модули можно вставить как Git-подмодули. А можно оставить их как есть, в виде поддеревьев.