GitHub тут не при чём, он лишь хранит репозиторий как есть, и не умеет игнорировать папки.
Не путайте сайт GitHub с программой GitHub Desktop, которая у вас на скрине.
VSCode уже умеет работать с Git, зачем вам дополнительный клиент?
Игнор действует
только на те файлы, которых ещё
нет в Git-репозитории.
Но если вы уже закоммитили файлы, то Git в любом случае будет показывать их
изменения.
Юра подсказал правильно — вам нужно
удалить файлы из репозитория, если вы больше не хотите их отслеживать.
git rm --cached -r .lh/
git commit -m "Delete files"
git push