Мы в своём Electron-приложении для хранения паролей используем
keytar. Он хранит пароли в наиболее подходящем для каждой ОС месте:
A native Node module to get, add, replace, and delete passwords in system's keychain. On macOS the passwords are managed by the Keychain, on Linux they are managed by the Secret Service API/libsecret, and on Windows they are managed by Credential Vault.
Пользователи счастливы, мы особых проблем не имеем с этим.
Т.к. вы пишете на Расте, я бы предложил вам
keytar-rs, но этот крейт выглядит не очень популярным (пока), поэтому используйте осторожно.