<!DOCTYPE html>
<html lang="ru">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<title>Калькулятор</title>
<link href="style/main.css">
</head>
<div class="calculator">
<div id="windowNumber">0</div>
<button onclick="enterNumber(1)" class="button1">1</button>
<button onclick="addNumber()" class="buttonAdd">+</button> </br>
</div>
<script>
var numberEnter = document.getElementById('windowNumber');
numberEnter = "";
var numberOne, numberTwo = "";
var operation = "";
var result = 0;
function enterNumber(number){
if (numberEnter == "0")
{
numberEnter = "";
}
numberEnter = numberEnter + number;
document.getElementById('windowNumber').innerHTML = numberEnter;
}
function addNumber(){
numberOne = numberOne + numberEnter;
operation = "+";
numberEnter = "0";
alert(numberOne);
}
</script>
</body>
</html>numberOne не инициализирована, из-за чего имеет значение undefined.addNumber вы к undefined прибавляете строку numberEnter, из-за чего в результате конкатенации получается строка undefined${numberEnter}.numberOne, например, присвоив ей значение "", и тогда undefined в Вашем выводе исчезнет. 
Простой
Простой
Простой
Средний
Простой