Насколько я понимаю, вы обновляетесь через программу Pamac ("Установка и удаление программ"). Arch Linux (скорее всего, и Manjaro)
не поддерживает частичные обновления — нельзя устанавливать новые пакеты, не обновляя при этом все ранее установленные пакеты. Pamac не позволяет производить частичные обновления или установку новых пакетов без обновления устаревших. Но на свой страх и риск вы можете установить пакет через pacman, не обновляя всю систему:
pacman -Sy <имя пакета>