remove_action('wp_head', 'wp_shortlink_wp_head'); удаляет shortlink из исходного кода внутри <head>. Но вордпресс добавляет shortlink еще в заголовок ответа сервера (http header). Нужно убрать еще один action:remove_action( 'template_redirect', 'wp_shortlink_header', 11 );remove_action( 'wp_head', 'wp_shortlink_wp_head' );