[телепат mode on]
1. в .htaccess криво настроен mod_rewrite таким образом, что просто в конец строки добавляет /index.php
2. уже в php-скрипте, когда криво делается разбор пришедших параметров, где-то добавляется строка 'index.php'.
Ну а где именно это происходит - смотрите.