Сертификат ничем не шифруется. Сертификат - это защищенный от изменения и открытый для чтения контейнер, содержащий некую информацию, подлинность которой проверена и подписана выдавшим его Удостоверяющим Центром.
Да-да, вся подлинность держится только на авторитете CA, больше ни на чем.
Если же Вы запросили формирование PKCS#12 и опасаетесь, что находящийся там ключ сертификата ушел налево (вполне обоснованно, кстати) - не стоит доверять генерацию СA. Обычно в CA передают только запрос (CSR), ключа у него нет, а без ключа он навредить не может.