1. А попробуй разными коммитами удалять и перемещать
2. А в мастере при этом делаются какие-то изменения в одной из этих папок?
3. Если всё ок, то почему бы не принять все изменения из этой другой ветки?
Нет никакой разницы, переименовываете вы руками или через команду git mv.
А вот пихать все эти манипуляции в один коммит — неправильно.
Сначала удалите первую папку и закоммитьте.
Затем переименуйте на диске вторую папку и снова закоммитьте новое состояние.