Задай папке в своей ветке тоже название что и в мастере. Находясь в mastere сделай git pull, переключись на свою ветку, сделай git pull (на всякий) и потом git merge master. Если папки были с одинаковыми названиями то проблем быть не должно. Потом создаёшь MR/PR и вливаешь свою ветку в мастер