сергей кузьмин,
Directory это не директория, это каталог.
Submodule это не субмодуль и не сабмодуль, это подмодуль.
Subtree это поддерево, когда один репо внутри другого.
Подмодуль отличается от поддерева тем, что он хранится вне нашего репо, в отдельном независимом внешнем репозитории. И клонируется в подкаталог нашего проекта в определенном состоянии, заданном в .gitmodules.
Все эти переводы давно устоялись.
Директория в русском языке обозначает совсем другое. Это как если бы вы magazine называли магазином, хотя это журнал. Лет тридцать назад не было нормального перевода и часто использовали транслитерацию.