Какие именно логи: базы данных или самого сервера SQL?
БД - вообще не рекомендуется ручная чистка, но если очень хочется, то закрываете все соединения и через SSMS (правой кнопкой на базе и выбираете Задачи-Сжать-Файлы) или DBCC SHRINKFILE. А вообще, ставьте модель восстановления Simple/Простая и ничего кроме файла данных расти не будет (но про инкрементальный бэкап забудьте).
Если самого сервера SQL, то просто удаляете файлы.