Вы немного путаетесь в понятиях.
Вы делегируете домен, указывая адреса серверов, на которых хранится информация о зоне вашего домена. В файле зоны могут присутствовать разные типы записей.
Делегируя домен на Яндекс вы можете в его редакторе зоны прописать А-запись на нужный айпи адрес, записи, необходимые для функционирования яндекс-почты он пропишет за вас.
И наоборот, делегировав домен на свои сервера вам надо будет внести в редакторе зоны записи, отвечающие за поддержку яндекс-почты на этом домене (на pdd.yandex.ru есть исчерпывающая информация по этому вопросу), в то время как основная А-запись скорей всего уже будет настроена автоматом на ваш сервер.