Скорее всего порядок дисков изменился (если ты вынимал первый диск то будучи вторым диском станет первым, вернув диск изменит порядок дисков в bios назад), это критично например для UEFI и старых способов указания root диска по имени а не UUID
Просто нужно переустановить и обновить настройки загрузчика linux - grub
Так же удостовериться что в настройках загрузчика и в /etc/fstab root диск прописан UUID=xxx а не /dev/sdX, установщик ubuntu уже давно так делает но про другие ОС я хз, должны тоже уметь, вручную это легко сделать
загрузиться с livecd, смонтировать в /mnt корневой диск linux и выполнить:
grub-install /dev/sdX --root-directory=/mnt
chroot /mnt update-grub
p.s. после установки grub он самостоятельно найдет windows на соседнем диске и добавит его в меню загрузки linux