Не плоди разделы.
Один раздел на весь ssd более чем ок (кстати linux умеет делать файловую ситему напрямую на весь диск без разделов, а загрузчик на hdd можно разместить, сэкономишь копейки и не допустишь ошибки неправильной разметки без выравнивания, хотя кажется это сейчас практически невозможно)
Выбор файловой системы до сих пор повод для активного флуда. Если не собираешься ничего изучать и тюнить, тебе хватит ext4, оно максимально быстрое. Если нужны различные фишки (типа бесплатные снапшоты, сжатие, квоты, мгновенное инкрментальное резервное копирование, встроенная поддержка докером и т.п.) то выбирай btrfs, там же можешь разделить через subvolume свой home от root при этом место будет общее (именно так делает убунтовский установщик при выборе btrfs), все вкусности btrfs не бесплатны, будет легкое понижение производительности записи, но на ssd ты этого не заметишь.
p.s. можно настроить ssd как кеш к hddу меня был конфиг, где то два года использовался дешевый ssd (128гб) как кеш к hdd, с помощью bcache, причем в хардкорном варианте, на диске размещена была игра, занимающая до 400гб, постоянно выходили обновления на десятки гигабайт, при которых игра почти полностью перезаписывалась, в общем ресурс ssd пожирался космическими темпами и все равно хватило на два года. В результате скорость запуска игры в худшем была примерно в 3 раза выше чем с hdd (там вообще было грустно) а обычно почти как ssd (дело в том что игра запускалась на windows машине, диск подключался по iscsi по сети с linux и даже с такими нагромождениями это было эффективно, ну а потом просто купили полтерабайтовый ssd)