Если установить MySQL Workbench там есть управление правами пользователей. Можно взять рута и сбросить его всемогущие права и дать ему достп только а определенным базам. Но это чревато потерей контроля над базой вообще.
Так что для каждой базы лучше создавать отдельного пользователя. И не нужно делать пользователей которые имеют доступ ко всем базам. А под рутом можно сидеть не проблема. Только надо знать что ты делаешь. Под рутом только администрированме. А уже есил кто то другой должен зайти, или это соединение из приложение то на все должен быть свой пользователь.