А зачем из Flatpak?
Там столько г...на непонятного происхождения...
И скорее всего проблемы с правами доступа.
Так бывает из snap и flatpak
Проще из оф. реп, хотя там не самая свежая версия, а лучше всего из тарбола самую свежую версию...
Установака Telegram из тар-болла
wget https://telegram.org/dl/desktop/linux -O /tmp/telega.tar.xz
sudo tar -xpf /tmp/telega.tar.xz -C /opt
sudo ln -s /opt/Telegram/Telegram /usr/local/bin/telegram-desktop
sudo chown -R $USER:$USER /opt/Telegram
telegram-desktop & exit