Надо запустить две копии службы с разными конфигами. Сама программа позволяет так так делать.
Как настроить запуск двух одинаковых бинарников с разными аргументами в OpenRC?
WSGlebKavash, в Gentoo сервис openvpn управляется openrc. И там создание нового vpn делается путём симлинка вида openvpn.name, который означает vpn с конфигом name.conf.