Разница есть. В случае squash, после коммита, в истории бранча в который сделан мёрж останется единственный коммит (обычный, с одним родителем), добавляющий все изменения из смёрженных веток. Если же вы сделаете коммит после merge --no-commit, то это будет нормальный merge-коммит, с несколькими родителями, и всё вмёрженные патчи можно будет найти в истории по отдельности.