linux на столько далек от windows, что порядок установки (на чистый диск или 'на windows') не имеет значения, по факту различия в способах загрузки (linux заменит загрузчик windows, но добавит в меню загрузки пункт с windows, но та в свою очередь с очередным обновлением может затереть загрузчик linux и вернуть свой, из которого linux не загрузится, это решаемо само собой, но наилучший способ вообще не создавать проблем - устанавливать загрузчик linux на другой физически диск, флешку, карту памяти, cdrom, сетевой загрузчик и вообще любой другой способ)
По поводу высокой температуры во время просмотра видео - однозначно, отсутствуют драйвера на видеоускоритель, причины логичны - например производитель их не сделал, либо есть какие то сложности, если устанавливать их автоматически. но с высокими шансами драйвера можно установить, например штатно из настроек или с сайта производителя.
Браузеры, поддерживающие аппаратное декодирование видео - firefox, chromium, google chrome,...
Ну и про 'не загрузку некоторых приложений' - телепатов тут нет, какие приложения, как ругались, копию сообщения об ошибках (например запустив приложение из консоли можно увидеть больше информации).
p.s. windows приложения не обязаны идти под linux, при этом с некоторой долей везения, после активного ковыряния, - можно запустить с помощью wine или mono (если приложение .net)
