Что будет лучше в плане скорости и нагрузки
Определитесь. Или в приоритете скорость, или нагрузка. Но не то и другое одновременно.
Если приоритетна скорость - то данные должны быть предварительно (а не в момент поступления запроса) загружены в PHP и там проиндексированы, причём должен использоваться алгоритм индексирования, обеспечивающий высокую скорость поиска. Поскольку речь идёт о поиске по подстроке, то, вероятно, это суффиксное дерево или аналогичная индексирующая структура.
Если приоритетна нагрузка - то поиск следует производить средствами СУБД.