Если только файлы журнала
"C:\Program Files\1cv82\srvinfo\reg_1541\????????-????-????-????-????????????\
1Cv8Log\",
то не критично, новые создадутся автоматически.
А если, как указано в вопросе, грохнули всю папку
"C:\Program Files\1cv82\srvinfo\",
тогда чуть добавили лишней работы, но ничего страшного, как сказал
Zerg89, придётся базы прописать по новой в консоли 1C; для этого потребуются явки-пароли от SQL и имена баз, как они прописаны в SQL.