Можно вбить ключевые слова в фильтр Директ.Коммандера по следующей схеме:
= Фраза ~ ["ключевая фраза 1" "ключевая фраза 2"]
, отфильтрованные фразы удалить.
Но, по-моему, было бы логичнее отключить тогда фразы, которые Яндекс.Директ отнёс к категории "Мало показов" или по которым просто не было показов за последний месяц.