При подключении должны пробрасываться порты.
Не знаю что вы там видите в реестре, но они должны быть доступны через диспетчер устройств (если мне не изменяет память). Утилита тест драйвера от Атол должна находить кассы через такие подключения - проверено.
обычно при этом Com порты не 1-2, а, внезапно, 9.
Работает только медленно, может отваливаться по таймауту, приходится играть с таймаутом.
В настройках rdp подключения указали "проброс портов"?