На heroku нельзя хранить файлы, так как любой инстанс скрипта может быть запущен на разных узлах сервиса и в любой момент перезапущен.
https://help.heroku.com/K1PPS2WM/why-are-my-file-u...
Зато на heroku можно использовать базу postgresql и в ней хранить данные. Также можно запилить для себя какой-нибудь интерфейс для выгрузки этих данных прям в самом heroku, например, в виде файла, отдаваемого по секретной ссылке с ключом или прямо чтобы бот своему хозяину посылал по запросу.