Если вы редактируете файл, а гит это не видит, значит файла нет в репозитории и он подпадает под правила игнорирования. Скорее всего игнорируется вся папка
bitrix/
Если вы хотите начать отслеживать отдельный файл из этой папки, то просто сообщите гиту об этом:
git add --force "bitrix/файл"
Если же нужно вывести из игнорирования какой-то подкаталог, то поправьте
.gitignore
bitrix/
!bitrix/подкаталог/
И
git status
сразу увидит содержимое подкаталога в неотслеживаемых.
Если нужно перестать игнорировать подкаталог с бо́льшим уровнем вложенности, то правила будут посложнее.
Я не силён в битриксе, но мне кажется редактировать файлы ядра там не принято и вы что-то делаете не так.