Есть два совершенно разных типа FTP прокси - FTP over HTTP и "нативный" FTP прокси,
1. FTP over HTTP раньше использовался исключительно для браузеров, на входе принимал HTTP запрос типа GET ftp://.... и отдавал или оглавление каталога в виде HTML или запрошенный файл, сейчас браузеры FTP не поддерживают и это практически вымерло. Обычно такая функция реализовалась в HTTP-проксях. В 3proxy такая функциональность поддержанва в http proxy (proxy).
2. Нативный FTP прокси - FTP не предусматривает наличие прокси, поэтому такие серверы не стандартны. Обычно с точки зрения клиента работает как FTP сервер, но поддерживает или дополнительную команду OPEN или ищет имя сервера назначения в имени юзера, т.е. чтобы попасть пользователем vasya на сервер example.com вы подключетесь по FTP к прокси-серверу, но в имени юзера пишется vasya@example.com (прелесть в том, что такой прокси можно использовать даже с клиентами не поддерживающими FTP прокси) или перед прочими FTP-командами дается команда CONNECT example.com (для этого клиент должен поддерживать FTP прокси). В 3proxy такая функцииональность поддержана в ftppr.