Вы неверно мыслите. Git - не система иерархий, а система контроля версий. Не важно что где лежит, а важно как с этим работают.
Если это три независимых сайта - делайте 3 репозитория. Если у них есть что-то общее (используют одни стили, например), то общие изменения делайте в master (origin-ом обычно называют основной репозиторий для синхронизации, а не ветку) и потом вливайте этот master во все три ветки для каждой части сайта, а изменения которые НИКОГДА НЕ БУДУТ ПЕРЕНЕСЕНЫ в другие ветки - в ветке для соответствующей части сайта.