Как можно внести изменения в header не копируя весь шаблон в local?
Как правильно кастомизировать файл header.php шаблона Битрикс?
Вы задали 2 противоречивых вопроса потому что "чтобы работало" не есть "правильно".
Способ "Правильно": копируете весь шаблон в папку local.
На каждом обновлении смотрите dif'ы и обновляете так же local.
Способ "чтобы работало": можете обьявить папку положить туда файл, а дальше - симлинки.
Но в таком случае вам придется проверять симлинки что очень не хорошо.
Рекомендую не заниматься ерундой и копировать шаблон as is, а сравнивать уже diff инструментами