Нельзя удалить одну кнопку. Можно либо удалить всю клавиатуру целиком, либо отправить другую клавиатуру на замену. Соответственно, для удаления всего одной кнопки нужно помнить, какую клавиатуру отправлял в прошлый раз (хранить это явным образом или определять из контекста), чтобы отправить новую клавиатуру без этой кнопки.