Я хочу загрузить на сайт через input файл
Что за файл?
после этого он должен обработаться js
Что именно обрабатывается?
и передать переменную в python код.
Какую переменную, только что вроде о файле говорили?
В python он кодирует фай.
Кто такой "он"? И от чего он его кодирует?
После этого я хочу добавить, полученный файл на сайт с возможностью скачивания.
Так что за файл такой волшебный?
Какими способами я могу это сделать?
Писать много кода. Так работают все программисты. План отличный, можете приступать.
На самом деле у вас здесь 5 или 6 отдельных вопросов, каждый из которых во первых хреново описан, а во вторых требует отдельного развернутого ответа. Решайте по кускам, сначала первую задачу, потом вторую и так далее. Все вместе никто и никогда не решает.