Да, к сожалению, в X так устроена подсистема xkb, что переключатель раскладки не позволяет использовать ту же комбинацию как часть более длинных комбинаций. Придётся или раскладки переключать другой комбинацией, или клавиатурные комбинации не использовать, или (ещё один вариант) переключать раскладки с помощью левых Alt+Shift, а в комбинациях использовать правые.
Ещё может быть можно собрать свою раскладку для xkb, которая будет менять язык при отпускании клавиш, а не при их нажатии, при условии что не нажата какая-то ещё кнопка третьей. Но там очень всё заморочено и непросто, не факт что можно это вообще нормально сделать.
