Самый удобный инструмент для решения этой задачи - btrfs, в нем есть нативная поддержка raid, нет дополнительного оверхеда инициализации и позволяет проводить операции с файловой системой на лету
Из недостатков, официально статус raid56 - есть
проблемы, с другой стороны если я верно понимаю, большая их часть решена и это чаще не проблемы с потерей данных, а потерей свободного места, у меня достаточно долго на пяток терабайт было хранилище raid5, и даже когда прервался процесс удаления диска из массива (место кончилось) данные я спокойно скопировал и пересоздал массив на основе уже mdadm.
зеркало же на btrfs создавать относительно надежно.
По теме вопроса, в похожей ситуации, я предварительно вручную составил план размещения данных на дисках (у меня были очень разные размеры от 350гб до 1тб, примерно 6 дисков), затем большего размера диски разбил на разделы, некоторые из которых были точно под размер маленьких дисков, и объединяя где диск целиком, где раздел, собрал все в несколько отдельных файловых систем. Очень важно сохранить карту дисков (удобно разрисуй в документе с картинками), какая файловая система какой диск и пометить физически жесткие диски символами, чтоб замена вышедших из строя была по проще.
Сейчас у меня такого зоопарка нет, массив собираю на основе 3тб дисков, но все равно добавляю их не целиком, а поделив их емкость на 3 части и сделав несколько файловых систем (по 1тб так чтобы можно было добавить к примеру 1тб диск или наоборот, добавить к массиву 4тб диск не пересобирая весь массив), так же я отказался от raid5 btrfs, использую mdadm, но это больше ради перестраховки
Простой