Разница в гибкости. Например дом для своей игры мы строили с помощью блокаута в блендере, перенос в юнити и редактирование с помощью ProBuilder.
Если строит из каких-нибудь кубов, то будет не удобно редактировать. Можно делать как вам удобно. Каждый раз редактировать в блендере .fbx или перенести его в юнити и редактировать из него с помощью ProBuilder