1. API для клиентских приложений, там используется протокол MTProto.
2. API для ботов, там используетя протокол на базе http.
Использовать нужно тот, который лучше подходит для конкретной задачи (кэп не просит благодарностей). Лучше, конечно, предпочитать API для ботов, когда это возможно.
SpaceBox777, в том что на этот протокол настроены сервера телеграм для общения с клиентами.
все остальные протоколы разработчикам серверов телеграм неинтересны.
также как для управления серверами используют протокол ssh а для доступа к веб-страничкам протокол http