Дело в том, что у WordPress в общем и WooCommerce в частности своя верстка практически всего: меню, формы комментирования, виджеты, товары, корзина, оформление заказа и т.д., поэтому делать верстку отдельно от WP часто довольно бессмысленно
Практически всегда вам будет проще стилизовать те классы, которые уже предлагает WP, чем пытаться переписать исходную верстку
Лично я разбиваю стили на несколько файлов: _typography.sass, _forms.sass, _menu.sass, _widgets.sass, галпом собираю в один минифицированный
Что касается структуры шаблонов WooCommerce, то правильнее вносить изменения через фильтры и хуки, и только в последнюю очередь копировать шаблоны в тему для изменений