c# в данном случае не самый лучший выбор (правильно использовать c++ или c или лучше готовый фреймворк и язык -
autoit но он в стагнации уже давно), в .net нет необходимого api и все придется импортировать из win32
вот обсуждают простейший пример симуляции движения мышкой, там же смотри как импортировать библиотеку
чтобы получить базовую информацию о графической структуре окон требуемых приложений (а все они так или иначе будут использовать хотя бы одно win32 окно), используй штатную утилиту, идущую в поставке с visual studio - microsoft spy++ (даже если нет ярлыков, утилита spyxx.exe лежит в каталоге visual studio... tools)