почему скрытая сеть настоолько скрытая
Потому что нафиг никому не сдалось ее раскрывать :) Как только наличие в ней хостов переваливает некую критическую массу - для тех, кому надо она тут же перестает быть скрытой.
Все сети построены либо по принципу "с координационным центром", либо "с автопоиском соседей". Просто берется некий hand-made протокол ,который типо никто не знает и с его помощью строится эта самая "типо скрытая сеть". Основана она как правило на шифрованных туннелях. В первом варианте новый узел сразу обращается к некоему центру (как в торе - и да, я все знаю про бриджи), во втором - тупо начинает перебирать всех соседей в расчете на то, что хоть на одном из них есть клиент - на этом основано множество школотских "блокировкоустойчивых" i2p-сетей.
Нет в них ничего магического - просто набор шифрованных туннелей "точка-точка".