Перед установкой системы нужно самому управлять утилитой разметки диска и вручную размечать будущие разделы. Вероятно, вы указали утилите что-то сделать с неразмеченным пространством. Утилита не только создала разметку диска но и "по своему усмотрению" создала отдельные служебные разделы на другом диске, через которые должна загружаться система (хотя в ручном режиме можно исключить создание служебных разделов).