Изначально на сервер был направлен поддомен при помощи A записи, который даже в трассировке не отображал шаги через DNS хостинг, но позже мы направили основной домен и поддомен, что привело к появлению пару шагов от DNS хостинга.
Это какой-то поток сознания. DNS никак на маршрутизацию не влияет. Протокол IP и протокол UDP работают на разных уровнях.
То, что А записи меняются не мгновенно, да, к сожалению, так бывает.
Отвечая на вопрос "Как избавиться от лишних шагов в трассировке?" могу сказать, что поможет VPN или размещение сервера на площадке расположенной ближе к вам.