GitHub показывает тебе текущее состояние проекта. Если ты раньше видел файлы, которых сейчас не видишь, значит ты эти файлы удалил. Тут невозможна ситуация, когда файлы есть, но скрыты.
Но файлы по прежнему остались в репозитории, так как история хранит ВСЁ.
git log --name-status --diff-filter=D # посмотри какие коммиты удалили файлы
git revert 0c76ed82d8a98bb9cae19a74fe4733c4f0c650d5 # отмени операцию удаления